「ストリーミング再生しない（動画を全部読み込んだ後に再生開始する）場合の対処法」
動画のメタ情報がファイルの後ろにある為です。
MP4Boxに一度通してみる必要があり、以下の方法を参考にしてみて下さい。

(1)MP4Boxをhttp://www.videohelp.com/software/mp4box等から落としてくる。
　但し、落ちてくるのはgpackなので、落としてgpacインストールの途中で
　MP4Box以外のチェックを外してからインストールすること。（まんまやるとさぁ大変ｗ）
　インストールで作成されたGPACフォルダからmp4box.exeをコピって
　あらかじめ作っておいたMP4Boxフォルダに貼り付けて準備完了。
(2)ストリーミング再生しない動画ファイル（例：Old.mp4）をMP4Boxフォルダに
　移動orコピペ。
(3)テキストエディタ（メモ帳でも可）で次のコマンドを書いてMux.batと名前を付けて
　MP4Boxフォルダに保存。
　MP4Box.exe -add "Old.mp4" -brand mp42 -new "New.mp4"
(4)Mux.batをクリックorダブルクリックするとDOS窓が開いてmux開始してNew.mp4が作成される。
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【寄生鯖】
-FC2動画-
鯖エンコ回避について（「FC2動画ってどうよ」スレのテンプレから引用）
　FC2動画ではFLVの動画は映像と音声をエンコードし直しさない仕様
　実はFLVコンテナだけでなく、MP4コンテナやMKVコンテナに格納した動画でも
　FLVの動画と同様に再エンコードを回避できます。
　※動画情報のメタデータは加えられるので元動画と同じではない。
　やり方は簡単でファイル名の拡張子を.flvに変名してからアップロードを行うだけです
　ただし再エンコードを回避してもFLVコンテナへの詰め替えは行われるので
　FLVコンテナに格納出来ない形式の映像や音声は変換エラーになります。
　なお副音声は詰め替えの際に削除されてしまいます。
　鯖エンコ回避可能な動画ファイルの形式：
　　映像コーデック：H.264, FLV1, VP6,ω
　　音声コーデック：AAC, MP3
　　コンテナ：コンテナに関わらず映像コーデックと音声コーデックが
　　上の条件に合致すれば鯖エンコ回避可能と思われます
　　FLV, MP4, MKVで鯖エンコの回避が可能な事を確認しました
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FC2のコンテナ組み換えメモ
【組み換え方法１】
中身はh264なavc/aacのままなので、落ちてきた200M-flvをXmedia Recorde等で、
コンテナ型式mp4、映像/音声をコピー/コピーで詰め替えてやれば無劣化でmp4ファイルになります。
【組み換え方法２】
FLVExtractで映像と音声を抽出→yamb等で結合
【組み換え方法３】
ffmpeg -i （元のFLVファイル名）.flv -acodec copy -vcodec copy （新しく作りたいmp4ファイル名）.mp