以前動画をエンコードした際に音声がつかないと相談したものです。
情報不足でした、申し訳ありません。
使っているのはx26*guiExです。
オーディオ波形表示はきちんと出ています。

auo [info]: x264guiEx 2.60 / Windows 10 x64 (17134) / Intel Core i7-8700 @ 3.20GHz [TB: 24380.95GHz] (6C/12T)
auo [info]: converting YUY2 -> nv12p, using AVX AVX2
auo [info]: x264 version: 0.152.2851 ba24899 --bit-depth=8 --chroma-format=all
auo [info]: x264 options...
--crf 23 --frames 34034 --input-res 1280x720 --input-csp nv12 --fps 89990/3003 -o "D:\Videos\RoR\RoR　Part １α.mp4" "-"
raw [info]: 1280x720p 0:0 @ 89990/3003 fps (cfr)
x264 [info]: using cpu capabilities: MMX2 SSE2Fast SSSE3 SSE4.2 AVX FMA3 BMI2 AVX2
x264 [info]: profile High, level 3.1
x264 [info]: frame I:156 Avg QP:17.90 size: 42754
x264 [info]: frame P:10459 Avg QP:20.98 size: 13510
x264 [info]: frame B:23419 Avg QP:22.75 size: 5868
x264 [info]: consecutive B-frames: 4.5% 9.1% 6.5% 79.9%
x264 [info]: mb I I16..4: 27.0% 48.6% 24.4%
x264 [info]: mb P I16..4: 6.0% 17.2% 4.4% P16..4: 27.2% 7.4% 2.5% 0.0% 0.0% skip:35.2%
x264 [info]: mb B I16..4: 1.2% 1.7% 1.1% B16..8: 28.7% 4.6% 0.7% direct: 2.3% skip:59.7% L0:46.1% L1:50.5% BI: 3.4%
x264 [info]: 8x8 transform intra:57.2% inter:72.2%
x264 [info]: coded y,uvDC,uvAC intra: 30.0% 53.8% 17.9% inter: 6.3% 13.3% 0.7%
x264 [info]: i16 v,h,dc,p: 31% 43% 11% 15%
x264 [info]: i8 v,h,dc,ddl,ddr,vr,hd,vl,hu: 22% 23% 36% 3% 3% 2% 4% 2% 4%
x264 [info]: i4 v,h,dc,ddl,ddr,vr,hd,vl,hu: 25% 25% 21% 5% 5% 5% 6% 4% 5%
x264 [info]: i8c dc,h,v,p: 55% 26% 15% 4%
x264 [info]: Weighted P-Frames: Y:1.4% UV:1.3%
x264 [info]: ref P L0: 69.2% 9.5% 15.2% 6.1% 0.0%
x264 [info]: ref B L0: 87.7% 9.8% 2.4%
x264 [info]: ref B L1: 96.6% 3.4%
x264 [info]: kb/s:2010.32

encoded 34034 frames, 112.18 fps, 2010.32 kb/s
auo [info]: CPU使用率: Aviutl: 27.53% / x264: 61.06%
auo [info]: Aviutl 平均フレーム取得時間: 5.654 ms
auo [info]: x264エンコード時間 : 0時間 5分 3.5秒
auo [info]: WAV出力 で音声エンコードを行います。 WAV出力
auo [info]: L-SMASH muxer (r1474) でmuxを行います。映像: on, 音声: on, tc:off, chap:off, 拡張モード:なし
auo [error]: mux後ファイルが見つかりませんでした。
auo [error]: L-SMASH muxer でのmuxに失敗しました。
auo [error]: muxのコマンドラインは…
auo [error]: ".\exe_files\muxer.exe" --file-format m4v -i "D:\Videos\RoR\RoR　Part １α.mp4"?fps=89990/3003
--file-format m4a -i "D:\Videos\RoR\RoR　Part １α.tmp.wav" --optimize-pd -o "D:\Videos\RoR\RoR　Part １α_muxout.mp4"
L-SMASH muxer [error]: iTunes MP4 muxing mode
L-SMASH muxer [error]: Track 1: H.264 Advanced Video Coding
L-SMASH muxer [error]: Error: the input seems Uncompressed Audio, at present available only for QuickTime file format.
L-SMASH muxer [error]: Error: failed to open input files.
auo [info]: 総エンコード時間 : 0時間 5分 6.4秒

ログはこんな感じです。