ちなみにハイポリ化プラグインが落ちる原因のひとつが「0<距離<1e-7の範囲に複数の頂点が集まってる事(※必ず落ちるわけではない)」で、改変プラグインでも正直全パターンは救えてないと思う
逆に、距離1e-7以下の頂点座標を同一化してしまえばいいので www.axfc.net/u/3953041 で頂点座標をそろえる前処理をしておけばほぼエラー回避できるはず
それでもエラー起こすようなら情報くれ