MMDからのavi出力に要する時間でボトルネックになるのはほとんどレンダリング。
無圧縮またはUtvideo による可逆圧縮の種類の差とかHDDに書き込む時間とかの影響はほとんどない。
ためしにaviの出力先を外付けSSDにしてみたが、全然かわらなかった。

YUV420とRGB DMOで差が出るのはAVIからMP4に変換するときのエンコードに要する時間。

自分用に少しでも画質の良い動画を残したいなら、RGB DMOでavi出力してH265でエンコード。