説明だけ見ると、他の人には再現できない不具合っぽいな。もし試してみるなら
・「全モデル」をPMXEで状態検証。×や△があれば〇になるよう修正
・「全モデル」の表示・IK・外観に打たれてるキーを削除。外部親もリセットされるので再設定(コピペしないほうがいい)
ここでMMD再起動してもいいかも知れない。それでもダメなら
・軽めのダミーな別モデルを外部親・子に設定、モデル非表示にしてボーンが思った通りに動いているか検証
・MMD再起動のうえ新規の状態から竿役と女の２モデルだけで動作検証
あとどうだったか覚えてないが、モデルの計算順序設定で外部親側のモデルを先にするってのも、おまじないになるかもしれん