> 655, 656
PMMファイルの構造は↓に纏められているのが自分が知っている限り一番詳しい。

https://drive.google.com/file/d/0B6jwWdrYAgJTdXZSd1Noa2hKbmM/view

これによると外部親の設定は親モデルインデックスと親ボーンインデックスで指定されている。
モデルが変わったりしても保存時のボーン名のリストは持っている＊ので同一名のボーンが有ればなんとかなる可能性があるが無かったらどうしようもない。

＊ロードする時にPMMが持っているボーンリストとロードするモデルのボーンリスト（モーフも？）を比較して違っていたら例の「保存時と・・・」ダイアログが出る。
モデルインデックスはMMDの内部番号でモデル描画順や計算順と違う場合があるので挙動が分かりにくい。

あと厄介なのが「表示・IK・外親」がそのモデルの全ての対象ボーン等について一括で記録されている（モーフやボーンは変化があるものだけ記録されている）。
それで外部親の設定だけ変えたつもりでもその時の表示のon/offやIKのon/off状態も一緒に記録されちゃう。これが原因で>654の現象が起こる。

たぶん上流から順番に「表示・IK・外親」のキーが打たれているところを辿ってそれぞれの場所で外部親登録だけ（フレーム登録はしない）をやり直せば元に戻せるんじゃないかと思う。（間違ってフレーム登録しちゃった場合はそのフレームのボーンのキーを削除すれば戻る。）
自分は遡って外部親設定とか表示on/offを切り替えたくなったときはこの方法でそれより後のキーだけ修正することで対処していて頭から全部打ち直すことはしてない。