video要素の読み込みが途中で止まるのはブラウザの仕様。これは事実。
批判的に言うなら、ニコニコはこの仕様を工夫もなく受け入れてるだけ。

他のサイトが具体的にどんな工夫をしているのか知らんけど、たとえば・・・
videoを時間で分割してそれぞれ個別に読み込ませることが可能なのかな？
マウスホバーなどをきっかけにして擬似的に新video要素を生成してクリックされた瞬間に再生を続けるとか？
(または工夫などなしに超速回線の力でシークから力ずくで即読み込ませて再生してるだけとか？)

このあたりの工夫はよく言われるようにYouTubeとかよりエロ動画サイトが優れていそう。