今まで通り個別に契約なりして許諾とればいいだけの話じゃないの？そのための法人化でしょうが
そんなに任天堂にマージン払うのが嫌なのか
作品は勝手に使わせてほしいけどマージンは払いたくありませんなんてそんなムシのいい話はないわな