https://www.westjr.co.jp/company/business/location/faq.html
Q 列車内での撮影はできますか？
A
一般の営業列車内での撮影は可能です（新幹線・特急のグリーン車と自由席車は除きます）。
ただし、お客様にご迷惑のかからない内容で、撮影前に周囲のお客様の同意を得て頂くことが条件となります。
※注釈　新型コロナウイルスの感染拡大防止の観点から、当面、列車内での撮影はお断りさせていただきます。

肖像権の厳密な議論をすると公衆を漠然と撮るのは問題ないんだろうけど施設管理権を有する鉄道会社からしたら、ウチの一般旅客が不快な思いをするかも分からんから、許可や同意を取れというのは至極真っ当な要求だと思うよ。
施設管理者の意に反する施設利用は建造物侵入罪になるから、たとえ登録者の少ない無名YouTuberでも許可なり許諾なり得なくとも事前相談ぐらいはしておいた方がいいよ。