基本的に>>221の言ってる通りでいいんだけど

aviutyで元動画読み込んで音声編集か長さを調整する
それを音声だけwavでも何でもいいから出力
Avidemuxで元動画からその音声に入れ替え
これが時間かからず無劣化でスマートに出来る