保存はまずユニークな名称（A)で保存する。ユニークなら意味のない文字列でも何でもよい。

次に、各ジャンル（カテゴリ）を好き好きに作り、例えば「リンちゃん」「ミクさん」「ダンス」「お気に入り」ってフォルダを作る。
それらのフォルダには、（A）のエイリアス（ショートカット、シンボリックリンク）を作る。
これなら、いろんな分類に同じ動画が散らばっていても問題ない。しかもコピーとは違うから、ディスク容量は（A）一つぶんしか消費しない。

「ダンス」って中から（A）が出てくるし、「お気に入り」からも(A)が出てくる。どちらも正しい分類だからこれでよい。
「リンちゃん」「ミクさん」二人の出演動画ならば、それらのフォルダに(A)のショートカットを作る。
問題ない。リンちゃんを見たいときに「リンちゃん」からたどればよいし、「ミクさん」からも同じ動画をほりだせる。

お気に入りじゃなくなったら「お気に入り」の中にある(A)のショートカットを捨てる。
でもオリジナルの（A)は残っているから、「ダンス」「リンちゃん」「ミクさん」からはまだたどれる。
お気に入りじゃなくなったけれど、動画は残っているし、ただしく分類されたままであるから問題ない。

すべてのフォルダからショートカットがなくなったら、オリジナルの(A)も捨てる。（これは自動的に探すようなプログラムがほしくなるかもしれないが）