頼朝は東国の主となり鎌倉殿と呼ばれ、政子は御台所と呼ばれるようになった。

養和2年（1182年）初めに政子は二人目の子を懐妊した。頼朝は三浦義澄の願いにより政子の安産祈願として、平家方の豪族で鎌倉方に捕らえられていた伊東祐親（時政の舅で義時の母方の祖父）の恩赦を命じた。祐親はこの赦免を恥として自害してしまう。『源平闘諍録』『曽我物語』などによると、頼朝は政子と結ばれる以前に祐親の三女（八重姫）と恋仲になり男子までなしたが平氏の怒りを恐れた祐親はこの子を殺し、頼朝と三女の仲を裂き他の武士と強引に結婚させてしまったという。ただし同時代史料や『吾妻鏡』など後世の編纂史料では確認できない。同年8月に政子は男子（万寿）を出産。後の2代将軍・源頼家である。
政子の妊娠中に頼朝は亀の前という妾を寵愛するようになり、近くに呼び寄せて通うようになった。これを時政の後妻の牧の方から知らされた政子は嫉妬にかられて激怒する。11月、牧の方の兄の牧宗親に命じて亀の前が住んでいた伏見広綱の邸を打ち壊し、亀の前はほうほうの体で逃げ出した[11]。頼朝は激怒して牧宗親を詰問し、自らの手で宗親の髻（もとどり）を切り落とす恥辱を与えた。頼朝のこの仕打ちに時政が怒り、一族を連れて伊豆へ引き揚げる騒ぎになっている。政子の怒りは収まらず、伏見広綱を遠江国へ流罪にさせた。
政子の嫉妬深さは一夫多妻が当然だった当時の女性としては異例であった。頼朝は他の女性とも通じたが、政子を恐れて半ば隠れるように通っている。当時の貴族は複数の妻妾の家に通うのが一般的だが、有力武家も本妻の他に多くの妾を持ち子を産ませて一族を増やすのが当然だった。父・時政も複数の妻妾がおり、政子と腹違いの弟妹を多く産ませている。頼朝の父・源義朝も多くの妾がおり、祖父・源為義は子福者で20人以上もの子を産ませている。京都で生まれ育ち、源氏の棟梁であった頼朝にとって、多くの女の家に通うのは常識・義務の範疇であり、社会的にも当然の行為であったが、政子は容認できなかった。
その背景としては、貴種である頼朝の正室としては出自が低く、地位が不安定だったためと考えられる。頼朝は寿永元年（1182年）7月に兄・源義平の未亡人で源氏一族である新田義重の娘（祥寿姫）を妻に迎えようとしたが、政子の怒りを恐れた義重が娘を他に嫁がせたため実現しなかった。政子が亀の前の邸を襲撃させて実力行使に出るのは、この4ヶ月後である。
寿永2年（1183年）、頼朝は対立していた源義仲との和睦条件として義仲の嫡子・義高と頼朝と政子の長女・大姫の婚約が成立した。義高は婿という名目の人質として鎌倉へ下る。義高は11歳、大姫は6歳前後であったが、幼いながらも大姫は義高を慕うようになる。
義仲は平家を破り、頼朝より早く入京した。しかし義仲は京の統治に失敗し、平家と戦って敗北、さらに後白河法皇とも対立した。元暦元年（1184年）、頼朝は弟の源範頼、義経を派遣して義仲を滅ぼした。頼朝は禍根を断つべく鎌倉にいた義高の殺害を決めるが、侍女達から漏れ聞いた大姫が義高を鎌倉から脱出させる。激怒した頼朝の命により堀親家がこれを追い、義高は親家の郎党である藤内光澄によって斬られた。大姫は悲嘆の余り病床につく。政子は憤り、親家の郎党の不始末のせいだと強く迫り、頼朝はやむなく藤内光澄を晒し首にしている。その後大姫は心の病となった。政子は快癒を願ってしばしば寺社に参詣するが、立ち直ることはなかった。
範頼と義経は一ノ谷の戦いで平家に大勝し、捕虜になった平重衡が鎌倉に送られてきた。頼朝は重衡を厚遇し、政子もこの貴人を慰めるため侍女の千手の前を差し出している。重衡は後に彼が焼き討ちした東大寺へ送られて斬られるが、千手の前は重衡の死を悲しみ、ほどなく死去している。
範頼と義経が平家と戦っている間、頼朝は東国の経営を進め、政子も参詣祈願や、寺社の造営式など諸行事に頼朝と同席している。元暦2年（1185年）、義経は壇ノ浦の戦いで平家を滅ぼした。
平家滅亡後、頼朝と義経は対立し、挙兵に失敗した義経は郎党や妻妾を連れて都を落ちる。文治2年（1186年）、義経の愛妾の静御前が捕らえられ、鎌倉へ送られた。政子は白拍子の名手である静に舞を所望し、渋る静を説得している。度重なる要請に折れた静は鶴岡八幡宮で白拍子の舞いを披露し、頼朝の目の前で「吉野山峯の白雪ふみ分て　入りにし人の跡ぞ恋しき 」「しづやしづしずのをたまきをくり返し　昔を今になすよしもがな 」と義経を慕う歌を詠った。これに頼朝は激怒するが、政子は流人であった頼朝との辛い馴れ初めと挙兵のときの不安の日々を語り「私のあの時の愁いは今の静の心と同じです。義経の多年の愛を忘れて、恋慕しなければ貞女ではありません」ととりなし、頼朝は怒りを鎮めて静に褒美を与えた。