取引メッセージで同梱送料を伝えて
どれか一点の商品の支払い時に同梱送料を入力して払ってもらい
その他の商品は送料を0円にして払ってもらう

まとめて取引がリリースされる以前にヤフーから推奨されていたやり方
https://auctions.yahoo.co.jp/topic/tradingnavi/guide/flow/bundle/