商品にダメージがあったので発送を取りやめ取引を中止したいです。
落札者の合意を取り、「取引を中止する」をクリックして処理を進めるのだと思いますが、
この進め方でシステムから悪い評価は付きますか？

昔は出品者都合で削除して自動的に悪い評価がつくのを嫌い、振り込み等で
返金してヤフオク上の取引は発送して正常に完了したことにしたりしなかったり
だと思います。