どういうことをしたいのかよく分からないので
期待したものとは違うかもしれないが、
マスタートラックを右クリックして出てくる
「Show folders」「Show tracks that are in folders」
をオンオフすることでMCPのフォルダトラックやフォルダ内のトラックを
非表示にすることはできる