maschineにダイレクトって書いてるからmk3のこととして話すと、
1.インプットがExt.stになっているか？
2.サンプリングの設定がdetectなのかsyncなのか？
3.detectの場合、規定のdbを超えて入力しているか？

サンプリングしながらCDJの音聞きたいならモニターをオンにすればオーケー
デフォだとオフになってるはず

CDJの出力が極端に小さい場合はmaschine側ではどうしようもないのでミキサーなりを挟むしかないとおもう