音質が変わるのはそのDAW専用のエフェクトを使ったり、DAWの機能でピッチシフトやタイムストレッチをしたときだけ
サイン波のファイルを置いてボリュームやパンを弄ったくらいじゃアナライザーで倍音なんか検出されないよ