2打目だけMIDIトラックを分けてモタる分だけトラックディレイ・マイナスで補正する
あるいはいっそのこと1打目と2打目はそれぞれ単発で走らせてオーディオ化してしまう
やりようはいろいろあるんじゃないの？知らんけど