ひとまず報告なのですが、オンラインヘルプのドキュメントを読んでいたところ「プラグインの負荷バランス」に対応していないプラグインを使用した場合パチパチという音が聞こえる場合があるという記載があったので、とりあえずこの機能をオフにしてみたところピタリと鳴り止みました。
この状態でも自分の環境ではCPUの負荷に問題は無いようなので、このまま様子を見ていきたいと思います。

確かに問題が出ているwavesのプラグインは古めのものが多い気はするので、ずっとマルチプロセッシングに対応してないままなのかもしれません。