いちいちライセンス発行してたら手間がかかってコストになるからある程度のまとまりで事前に発注する
それと同じで自動取引できるわけでなく取引の確認が入るから人的コストがかかる
（だから事前の一括発注が原則）

付録の場合提供されるライセンスが無料ならいくらでも注文しておくけどライセンスが在庫になると赤字になる
（宣伝をいれて広告費とライセンス料で相殺とかやり方はあるかもしれんけど有限になる）
製品の宣伝を兼ねて無償提供されたものなら当然数量は限られる
いずれにしても販売部数よりかなり少なくなるはず

ダウンロード商品がシリアル管理されていれば販売時に付録ライセンスを紐付けできる
そうでなければ新たに販売システムを変えることになってコスト的に馬鹿げた話になる
購入者のライセンス登録の早い者勝ちにする方が簡単

こういった複合した理由によるものと思う