>>578
ありがとおおおお解決しました！！
各オブジェクトのUVmapの名前を統一してから統合したらやっとうまくできた
ベイクもきれいにテクスチャが反映されてる
そんな仕様だとは知らなかった、マジでありがとうございます

とりあえずこのことwikiに簡単に加筆しておきます
もしかすると.3dsだとこの問題は発生しないのかな