まだクリアしてないけど
こっそりアジートの生みの親は将来科学者になったレイカじゃないかと予想
アマネが「あなたの優しさが世界を滅ぼす」と言ったのは、人間のパートナーになることを期待してロボットに人間並みの思考が出来るＡＩを組み込んだという意味とか
で、アマネがレイカを牢獄から連れ出せないくらいなら一思いに殺そうとしたのは、アジートがレイカを精密検査とかしたらＤＮＡで自分達の創造主の若かりし姿だと気づいてしまうから
そうなったらアジートは間違いなくレイカを保護対象とし、もう未来でアジートが誕生する事を防げなくなってしまう