エスパー能力は持たないので幾つか可能性を元に回答すると
まず威力計算ってのが、攻撃しようとした時に表示されるオッズ表記のことなら、「スクエアの防御により」と記載されている
ライフル兵とかで攻撃した時に機能していないのは、建造物の説明の通りに火薬使用のユニットには通じないから
ユニットの駐留しない都市の戦闘力のことが言いたいなら、Civ4はCiv5以降とは異なり都市自体は戦闘力を持たない
文化の大きく育った都市で機能しないのは、文化防御と都市建造物による防御は重複計算されず大きな方のみ使われるから