フィルタの取りこぼしは既知の問題だね
定石は同じ指定のフィルタを２つ並べてセットで使う
「指定されたもの以外」はできたら色々捗ると思うけど
この件で建設的な回答がdevからあったことはないと思う

リファイナリは５リソース毎に一休みするようなので
入出を同じラインでやるとスルー状態によくなる

自動精錬売却を組むなら入出はサイロ直結が良いと思う
精錬物指定のフィルタで売却ラインに流せばいいし
入出で個別に用意するならその必要もない
あと出をサイロ直結にすると一休みが無いように感じる

自動クラフトの場合は同じラインが必要だから
2x2のサイロをラインを挟んで正対させると良い
スルーされた時点でクラフトから解放されるので
反対側に置いたサイロが吸い込んでくれる
不足分はこの吸い込まれたやつがまた出てくると思うが
造りによっては貯蔵元にリクエストが飛ぶかもしれない