いや、直接艦を入れ替える事はできるよ。
例えばA艦隊とB艦隊を同じ港に置いて港の中を見る、そうすると港に停泊中の艦隊が覗けるよね
この時にAから移したい艦の艦種シルエットをBのシルエットが書いてあるところまでドラッグ、こうすると右側に「すべての艦を移動」とか1艦ごとに名前が表示される、この中から移したい艦を選んで選択すれば移籍が完了する。

ドラッグさせてる途中に関係ない艦隊のシルエットスペースを通ると動かしたい艦と関係ない艦隊の艦が入れ替わったりするから一度ドラッグさせ始めたら少し位置をずらしてスクロールさせた方がいい。

あと艦型シルエットの所の余白部分をドラッグすればその艦隊のすべての艦を選択できる、複数の艦種を一度に移動させたい時なんかに使える