いや、ＦＴＬが異なる船って同じ艦隊に入れられないじゃん？　（具体的にはデブリから研究してジャンプ獲得)
自動「補充」となると、生産してる巡洋艦の設計をＦＴＬ変えて上書きした場合、補充ＮＧになるからさ
そういうチェックをプログラム的に生産部分か設計部分に入れなきゃならなくなる

チェック項目が増えるのは重くなる要因だし(これはルーチン処理じゃないんで大したことないけど)、
こういう仕様的齟齬がどこに埋まってるか（完全に拾いきれるか）が怖い部分だと、元作り手側的に感じてしまってな、すまん