置き換えは例えば、Sid Meier's Civilization VI\Base\Assets\Mapsの
マップファイルを.Civ6Mapファイルを自分で作ったのと差し替えて
ゲーム作成時に差し替えたマップ名を選んで開始すればプレイ出来る

他にもConfiguration\Data内のXMLに追記して読み込むファイル追加指定するとか
MOD形式で<Maps>に追加するとかAddMapでルールセット呼び出しとか