XNB-Mod-Toolkitを別フォルダにコピーして
appフォルダの中にGitHubからDLしてきたxnb_node.0.2.2を上書きという横着なやり方で
ja-JPデータを正常に再圧縮できたことを報告します
単に自分が幸運だっただけかもしれませんが参考までに