スクリプトが原因になるなんてよっぽどのレアケースだとおもうんだけど
"スカイリムのCTD対策 トラブルシューティング"←これを全部試してもダメなら根本的にMODが悪いとしか
例えばランダムエンカウントとかリスポーンを増やすとか敵のコンバットスタイルが設定されてないのがあるとか
Ultimate combatで敵の攻撃を受けるときにも落ちやすいけど（3.1で改善はされたがたまに落ちる