MO2はぶっちゃけかなりバギーだからな
使わない方がいい
それでも使いたいなら
C:\Users\(ユーザ名)\AppData\Local\ModOrganizer
の中身を全部消して
再インストール

そんでMODは退避しておいてプロファイルはdefaultを使わず必ず作成
そんでメニューのSettingでPathsを自分バックアップ用のBaseDrectoryを設定しとく
これで起動するはず