>>596
マージに関しての注意点をまとめてるブログがあるので読み返してみた
ttp://skmod.hatenablog.com/entry/tes5edit/Merge-script

Navmesh周りの改変は確定CTDに繋がりやすい、と書いてある
マージするとFormIDが変わることがあるので、その辺の管理を厳密に定めてるようなModだと参照情報がなくなってCTDするんじゃないでしょうか