>>646
その認識で合ってると思いますよ
MOは仮想ゲームフォルダをゲーム起動時毎に作り、そのMODのオーダー順に仮想データフォルダの中身を順番に上書きしていくところが特徴です
（なので、起動毎のMODの組み替えがむちゃくちゃ簡単になるので今はこれが主流になっているのです。仮想化しないタイプの管理ツールだと上書き処理のあたりの競合の変更がむちゃくちゃめんどくさいです）
その順序についての組み替えは自分で行うしかないですが、基本的にAのMODとBのMODで上書きされる部分があるなら、どちらを優先すべきかは使う側の人間の判断になります
（りんごを赤くするMODとりんごを黄色くするMODがテクスチャ競合している場合、どちらを優先すべきかはツールに判断できないですよね？ユーザー側がが判断しないといけません）
また、上書きがなければこの意味での競合は起こらないと考えて良いです
espのロード順については、まぁrootに任せておけばほぼ大丈夫です
それでダメなくらいMODぶち込む頃には何度か痛い目にあってそこそこ詳しくなっているはずですから！