604ですが
質問の仕方を少し変えさせて頂き、

NMMの更新、または他のmod管理ツールに移行する場合現在のmod環境はどうなりますか？
全てmodは消え、初めから入れ直しになるのでしょうか？それとも引き継がれるのでしょうか？それが知りたいです。
宜しくお願い致します。