savedata.ini （と dat.dat ）は毎回初期化されることになっている
なのでシナリオ読み込みの時に、それらのファイルの名前を変えておくといい

自分は savedata20201024.ini とかにしてセーブデータの保存も兼ねた作業にしている
それからシナリオ読み込みを終えてから、 savedata.ini に戻してゲーム続行


で、「テスト（開発中）用セーブデータ設定」にチェックを入れておかないと、この方法でもセーブデータの保存ができなくなる
これは「バグが見つかったので修正・更新しました」という場合でもセーブデータ消滅になってしまうので、やらない方がいい