ありがと
skyrimPrefs.ini　をコピーすることによりWindowsモードでは動きました。
MO２のほうは、しっかり歯車より登録しており、SKSEから起動しております。（ハートの横にショートカット作ってますが）

念のため、iniをコピーしてからも試してみたのですが、やはり馬が動かないせいで馬車が動かない・・・