>>880
① セーブデータのクリーニング。
② SSEEditをかけて調べる。
③ 脱衣モーション系modを外して原因を調べる or MODのルール管理を構成する（vortex）。

私も武器の帯剣位置を変えるＭＯＤを入れたところ、納刀しても手に持ったままの状態になる不具合を経験しました。
月並みの提言で申し訳ないですが、上記を試されていないのなら試みてはどうでしょうか。