私の場合は、寺院所領を建設した当初は問題なかったのですが、
いつのまにか税収、徴募兵が0になり、建造物が無効化してしまいました。
（もしかしたら代替わりしたタイミングだったかもしれません）
それと現在王国ですが、
直轄領の全ての寺院所領の所有者が評議会の大司教になっています。
しかし首都を含めいくつかの寺院所領は問題なく機能しています。
一方で臣下の公爵領の寺院所領は評議会の大司教とは違う人物が所有者になっていて、
こちらも問題ないようです。
（以下CKに詳しくないので想像ですが、大司教との契約？　
のようなものを変更すれば良いように思いますが、方法がわかりません）