かなり厳しいねー
対策としてはハナから全世界を相手にする事を覚悟して戦うか、
首都以外の弱い都市は敢えて残してあげたり、
滅ぼすにしても忠誠圧力で叛乱させたり、
雇って連れてきた都市国家兵を解放してトドメを刺して貰ったり、
他の文明に出会って知られる前に滅ぼしたりといった工夫があるよ

ん、好感度じゃなく不平がそれだけ？
不平40程度なら時間がその内解決してくれるよ