オブリのセーブデータははGOG版もSteam版も全く同じ
C:\Users\（Windowsのユーザー名）\Documents\my games\oblivion\saves
に入ってるよ
何もしなくてもGOG版起動すればSteam版のセーブデータをそのまま使える
ただし、クラウドにセーブデータ保存する設定になってる場合は競合するので使わない方のクラウドセーブを切っておくべし