好戦度が高いと別組織以外のNPCに敵対する仕様だったと思う
野盗やらの元々敵対NPCをコンパニオン化すると町人に襲い掛かったはず
MCSの設定魔法でアグレッションを５にしてみて治るなら原因はそれかな
特定のNPCと喧嘩を始める場合は相手を一度コンパニオン化してpeacemakeしてみて