MODは途中から変更しても適用される
不具合が出る危険はあるので怖いならセーブデータのバックアップをとること

一応書いておくと、既存のセーブデータに途中から導入MODを変更する場合は最初のメニュー画面にあるMODの項目じゃなくて
ロードから既存のセーブデータ選択して詳細→MODを選択…から指定のMODを有効にする必要がある