>>496,543
ディレクトリはどこでも大丈夫だと思うんだけど、コノハにゃなんか独特な起動コマンドが提供されているんかね？

通常の起動コマンドにセーブデータ指定があるでしょう？
いつも初心者鯖立てるとき、おいらは起動時に指定するようにしているよ