私は、バニラの次はSE単体をオススメ。
理由は、ロケット(探査衛星)飛ばすまではバニラとほぼ同じで複雑になることはないのと、
SEはもうこれだけで超長期間遊べるので、あれこれmodやった後ってよりは、もうSEだけでfactorioを飽きるまで遊べる。

あとやっぱり世界にロマンがある。スタートする星以外の星が無数にあり、各星々の衛星軌道エリアまで用意されていて、技術レベルを上げて星々を往来しながら資材を運搬するネットワークを構築する。
これはバニラでは体験・想像しない、立体的なfactorioの世界を見せてくれる。
端的にいえば、あれこれmodやるよりも、SE単体で遊び尽くせるのか疑問に思えるほどのボリュームがあるので、バニラの延長線上の世界としてすんなり入れるからオススメ、という感じです。

もちろん、１つの意見として他のmodを薦める方へ異議を唱えるものではありません。