>>366
このゲームにはno-foliage rangeっていって、拠点の中心点から一定距離の岩や樹木などが非表示になる仕様がある
この中心点は建物などを建てるたびに再計算されてズレるので消えてた岩や樹があとで復活することがある
拠点を拡充してるうちに消されてた岩が復活して、何も無いものと思って建物置いた場所とばっちり重なってしまった形じゃないかな
これなら完全バニラ環境でも起こりうる

対策としては、
１．街の中心点（女神像）を埋まってる建物の近くかつ全建造物が白円内に収まるよう動かしなおす
うまく岩が消えなかったらちょっとずつ動かしていい感じに消える位置を探す
ただし新しく何か建てるたびにやる必要がある
２．No-Foliage RemovalというMODを導入する
このMODを入れるとプレイヤー拠点のNo-foliage rangeが０になって植生の除去が起こらなくなる
埋まってしまっている建物は犠牲になるが今後の事故を恒久的に防止できる
個人的には２を勧めるけど面倒でも１の方法を取るつもりなら開発者モードの使い方も教えるよ