そのまま返報すれば、特に問題は無いと思われます
迷惑メールへ自動でフォルダ分けされるのはよくあることです
気になるのであれば
「重ね重ねありがとうございました。自動でフィルタリングされていたようで返答が遅れました。恐縮です。」
くらいの指摘は書いてもいいでしょう