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> 回転数の制御はどこでやっている

マザーボードです
現状の規格下ではOSから電圧を制御できないのです
ソフトウェアファンコントローラーは直接ハードウェアを叩いている訳です
もちろん規格違反ですし、制御不能なマザーボードも多々実在します

> 現在の回転数(rpm)が見れなくなっています

ファンの回転数を検知するピン（パルス）が結線されていないからです
https://www.ainex.jp/support/fan-wiredesign/
ファンハブの機種に依っては、回転数を検知するピンが一か所だけ結線可能です
他のファンはこのファンと同じ角速度制御を受けます
例えば3200rpmのファンが3ピン接続されていて、他に1600rpmのファンが連なるとします
前者が1600rpmへ減速すると、後者は1600rpmでなく800rpmまで落ちるか止まります