なんかそういうオプションどっかになかったっけ
まあいずれにせよ残りのタブが一つだとメニュー項目名が変化するから
シス環＞キーボード＞ショートカット＞アプリケーション で
Safariの「ウインドウを閉じる」にcmd+W以外の何かを充てれば解決する気がする

これがうまくいかない場合はAppleScriptで
「現在開いてるタブの数を確認して2以上なら閉じる」を書いて
適当な割り当てアプリでcmd+Wに充てれば解決する気がする