キーボードを1Pに なにかしらいらないアケコン を2Pに認識させて
Joy To Keyなどでメインのアケコン側の配置をキーボードのコンフィグ通りに割り当てれば解決できそうではないでしょうか？

自分のアケコンは特に配置おかしいような問題なくそのまま使用しているので
キーボードで接続は試していませんが…