【ナショジオ】「最古のイヌ」の証拠を発見、1万4000年前　ヨーロッパの大規模調査で明らかに [すらいむ★]

「最古のイヌ」の証拠を発見、1万4000年前　ヨーロッパの大規模調査で明らかに
ヨーロッパ全域に似た飼いイヌ、定説を約3000年更新　家畜化の起源はいまだ謎

　イヌの起源を探る2つの研究で、確実にイヌと断定できる最古の証拠が見つかった。
　最古の個体の年代はこれまで約1万900年前とされてきたが、ヨーロッパ各地の遺跡から発見されたイヌ科動物の遺伝子を比較したところ、少なくとも1万4000年前にオオカミとは明らかに異なるイヌがいたことが明らかになった。
　論文はいずれも2026年3月25日付けで学術誌「ネイチャー」に掲載されている。

（以下略、続きはソースでご確認ください）

ナショナル ジオグラフィック日本版　6/26(金) 11:02
https://news.yahoo.co.jp/articles/9524949e91e6c260b332ed0e60089acae8973f37

ミアキス

>>8

新石器時代初期およびヨーロッパ大陸のサンプルを特徴づけることは、この期間に大規模な人口置換が起こったかどうか、またどの程度起こったかを検証するために必要である。これは、新石器時代初期から現在までのゲノムの連続性とは対照的に、現代の犬のゲノムには存在しない、新石器時代初期の犬に顕著に見られた明確な祖先によって証明されるだろう。そこで、我々は、新石器時代初期と末期（それぞれ約7,000年前と約4,700年前）に遡るドイツの2つの犬のサンプルの約9倍カバレッジの全ゲノムの解析結果を示す。

我々は、この時代から現在に至るまで遺伝的連続性を観察し、古代の犬が現代のヨーロッパの犬とかなりの祖先を共有していることを知った。大規模な人口置換の証拠は見つからず、むしろ、我々の結果は、現代のヨーロッパの犬が構造化された新石器時代の集団から出現したというシナリオと一致する。

さらに、新石器時代末期のサンプルには、ヤムナヤ文化や縄目文土器文化¹³など、新石器時代後期から青銅器時代初期にかけての文化に関連するステップの人々と共に移動した可能性のある、さらに東に位置する犬の集団からの混血と一致する追加の祖先成分が検出されました。

また、家畜化に関連する常染色体ハプロタイプのほとんどが新石器時代の犬にすでに確立されていたものの、デンプン質の多い食事への適応はおそらく後になって起こったことも示しました。

最後に、東西の犬の間の分岐推定値は17,000～24,000年前であり、家畜化の単一の地理的起源と一致し、その時期は20,000～40,000年前の間に絞り込まれました。

犬を家畜化したんじゃなくって
オオカミを家畜化して犬になっていったんじゃないのか？

>>11
事実としてイヌには単一の祖先がいるし
オオカミの伝搬とは別の波だった

これは山猫とイエネコの関係でも同じ

結果

考古学的試料と古代DNAの配列決定
より古い標本（以下、HXHと呼ぶ）は、ヘルクスハイムの初期新石器時代の遺跡で発見され、紀元前5,223～5,040年（約7,000年前）と年代測定されている（補足図1）。より新しい標本（以下、CTCと呼ぶ）は、チェリーツリー洞窟で発見され、紀元前2,900～2,632年（約4,700年前）と年代測定されており、これは中央ヨーロッパの新石器時代末期に相当する（補足図2および補足ノート1～3）。

我々は2匹の古代犬の全ゲノム配列データを生成し、リードの67%以上を犬の参照ゲノム（CanFam3.1）にマッピングし、両サンプルで高い内因性犬DNA含有量を確認した（補足表2および補足ノート4）。MapDamage 15解析により、両サンプルが古代DNA 16に典型的な損傷特性を有することが示された（補足図3）。

両サンプルの最終的な平均カバレッジは約9×であったが、X染色体とY染色体のカバレッジは約5×であり、両サンプルが雄であることを示している。また、NGDデータ12をCTCおよびHXHと同じパイプラインを使用して再処理した。バリアントを検出するために、 DNA損傷パターン17を考慮したPythonで実装されたカスタム遺伝子型コーラーを使用した（補足ノート5を参照） 。
我々のアプローチにより、死後損傷に起因すると考えられる多くの偽陽性が排除されたことがわかった（補足図4）。

現代のイヌ科動物の参照データセット
(省略)

>>13

mtDNA解析

我々は、HXHとCTCの全ミトコンドリアゲノムの系統発生学的関係を、4つの主要なクレード（A～D）にわたる現代の犬の包括的なパネル、現代のオオカミとコヨーテ、および以前に報告された古代のオオカミ様および犬様の全ミトコンドリア配列5、12と比較検討した。

他のヨーロッパの新石器時代の犬と同様に、HXHとCTCは、NGDおよび12,500年前の後期旧石器時代のカルトシュタイン洞窟の犬（これもドイツ産）とともに、ハプログループC（図1a、補足図5、補足ノート7）に属している。ボン・オーバーカッセルも同じハプログループ5に属していることに注目します（補足図6および7）。

ただし、このサンプルの解析はmtDNA配列のカバー率が低いため複雑であり、後期旧石器時代から新石器時代ほぼ全体にわたる約10,000年にわたるヨーロッパにおける母系連続性の一端を示しています。

系統解析に24個の追加のクレードCサンプル19を含めると、予想通りC1とC2の分岐（100%の支持）が明らかになり、HXH、CTC、NGD、およびカルトシュタイン洞窟の犬はC1の犬と共通の系統を共有しています（補足図8）。

このトポロジーは、これらの古代ヨーロッパの犬が、C1bおよびC1aサブハプログループの祖先の姉妹であり、おそらく現代の犬集団には存在しない、より古いサブハプログループに属していることを示唆しています。

ヨーロッパの新石器時代の犬のゲノムクラスター分析

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5520058/figure/f2/

全ゲノム配列データセット（図1bおよび補足図9と10 ）を使用して近隣結合（NJ）ツリーを構築し、どの現代犬集団が古代サンプル（補足ノート8 ）と最も遺伝的に類似しているかを決定しました。

初期新石器時代のHXHと後期新石器時代のNGDは、現代のヨーロッパの村の犬と姉妹クレードとしてグループ化され、CTCはこのクレードの外側でしたが、他のどの現代集団よりもこれに類似していました。以前に示されたように12、東アジアの村の犬と犬種は、他のすべての犬の基底にあります。

また、SNPアレイと全ゲノムデータの両方を使用して主成分分析（PCA）も実行しました（図2a、bおよび補足ノート9）。両方のデータセットは、非常に異なる検出スキーム（SNPアレイデータはヨーロッパの犬種に偏っていると予想される）にもかかわらず、非常に類似した集団構造パターンを示しました。
より大きなSNPアレイ参照データセットは、村の犬が主に5つの異なる地理的クラスター（東南アジア、インド、中東、ヨーロッパ、アフリカ）に分かれることを示しています。犬種は、基底または「古代」の犬種20を除いて、ほとんどがヨーロッパの村の犬の変異の範囲内に収まります。NJツリー分析と一致して、3つの古代サンプルはすべて、現代の犬の変異の範囲内に収まりました。

HXHとNGDは、主要なヨーロッパのクラスターに最も近い古代サンプルであり、両方とも、ほぼ完全にヨーロッパの犬から派生したと考えられる太平洋諸島の犬のクラスターに隣接しています9。
CTCはアフガニスタンの村の犬の隣に位置しており、この犬は混血集団として知られ、ヨーロッパ系に似た祖先成分を多く持つと推測されているほか、南アジアや東アジアの集団からの寄与も考えられます9。

mtDNAがAの最古が中国なのはほぼ確定だから
家畜化されたのは欧州のCが最古だと主張するわけか
欧州人の犬猫馬に対する執着は凄いな
流石にイエネコが欧州発というのは諦めたみたいだが
何でも韓国起源主張の韓国人と変わりがないな

>>15
ひさびさにみたけど

ヨーロッパとアイスランドが
別にクラスター化されてるのか
これはまだなんか出てくる可能性残ってますね

モンゴル～ネパール系統にもライン見えるんだが
これはチベット系統に繋がるラインなのかな
チベタンマスティフも謎系統だった記憶がある

>>15
新大陸オオカミに対して

ベトナムとインドネシアと南中国がクラスター化されてる

もう一つの軸は中東～カザフ～モンゴルのラインが
現代犬からのグラデーションが見える訳か

これはけっこう謎
ヨーロッパ狼がけっこう古い系統で共有してるんだとは思うが