TiddlyWikiは良いよ。Ver2になって必要な機能がひととおりそろった感じ。
ttp://www.tiddlywiki.com/

長所
・HTMLファイル１個だけ（Wikiエンジン本体はJavaScript）で管理が簡単
・各種OS、ブラウザに対応
・高速な検索
・更新はローカルファイルベースだが、そのままサーバに置くことも可能
・マクロ、プラグインによる拡張性（JavaScriptで書けることならなんでもできる）
・豊富な書式整形
・スタイルシートやHTMLテンプレートによるレイアウトカスタマイズ
・頻繁なバージョンアップ

短所
・日本語の解説が少ない
・一部の機能で日本語が使いづらい